Los datos de la pandemia en Chile, que lo mostraban con muchos contagiados y pocos muertos como países de escasa tradición democrática, tenían errores.
Las cifras de muertes tenían errores: en junio de 2020 un reportaje de CIPER reveló que el Minsal informaba a la OMS más de 5.000 fallecidos mientras el balance oficial daba 3.101, y que el gabinete del ministro usaba un conteo propio. Mañalich salió del Minsal el 13 de junio, y el registro se corrigió después sumando fallecidos probables.