Una denuncia ante la Superintendencia señaló que Cubillos no figuraba en el sistema nacional de investigación, pese a que su contrato contemplaba labores de investigación. No se verificó qué editorial publicó sus libros.
En septiembre de 2024 se reveló que la USS pagaba a Cubillos unos 17 millones de pesos brutos mensuales (cerca de 11 millones líquidos) por un contrato vigente entre 2020 y 2024. La Superintendencia de Educación Superior abrió una investigación contra la universidad.
Cubillos fue candidata a alcaldesa de Las Condes y perdió el 27 de octubre de 2024. La Fiscalía Centro Norte y la Superintendencia de Educación Superior abrieron investigaciones por el sueldo, pero no se encontró una resolución que acredite que el pago tuviera un fin político.